Говорят, что арбалеты можно улучшать после прохождения Dawngard и квеста "Новый порядок". Причем, прохождение не за вампиров. Но тут я хз, я как-то не увлекался арбалетами. На всякий случай - skyre дает зелье сброса навыков. Можно их еще добавить через консоль, чтобы посмотреть разные варианты.

Насчет ковки - странно, у меня улучшение работало.
http://www.nexusmods.com/skyrim/mods/9286 - вот этим.

Улучшать обычные арбалеты по-моему нельзя, только те, что ты сам создаешь в кузнице. И у меня еще почему-то с последней версии SkyRe не работают перки на повышение урона заклинаний из под стелса. Т.е. тупо x1.75 всегда.
А если его отключить?
Очень странно. А skyre стоит ниже официальных dlc и их фиксов?
У меня были вылетания из-за Нексуса, решалось просто любым переставлением в конфиге. А тут вижу, что проблема серьезнее. А какие вообще моды есть?
А чем поставил? Самим конфигом игры или каким-нибудь Nexus-ом?
Обязательно нужно опустить ReProccer (это часть SkyRe) в самый низ. Без него урон оружия пересчитывается черти-как.
В случайном контейнере. Народ пишет, что чаще попадается в двемерских руинах, но найти можно везде.