Past perfect обычно используется в связке с Past simple, и нужен для того, чтобы показать, что действие 1 (в past perfect) случилось до действия 2 (в past simple). Если past simple явно не видно, всё равно оба действия подразумеваются в прошлом. Past perfect просто очерёдность показывает, что произошло раньше.

Например: The plane had left by the time I got to the airport - Самолёт (уже!) улетел к тому времени, как я прибыл в аэропорт.